Die kürzliche Präsentation einer Darstellung der Jungfrau Maria mit Kind, die möglicherweise ein seit 460 Jahren verschollenes Stück aus der Kathedrale von Funchal ist, weckt Bedenken hinsichtlich des Verbleibs anderer sakraler Kunstwerke auf Madeira. Francisco António Clode Sousa, Direktor der Dienststelle für Kulturerbe, äußerte diese Hypothese, wenn auch ohne dokumentarische Bestätigung.
Generalvikar Pater Marcos Gonçalves bestätigte, dass die Diözese keine erschöpfende Liste der verschwundenen Werke besitzt, obwohl ein veraltetes Inventar existiert. Nachrichtenarchive zeigen, dass dies kein Einzelfall ist.
1995 meldete Pater Rafael Andrade den Diebstahl mehrerer Stücke, darunter ein goldenes Medaillon und eine silberne Rosenkranz aus der Kirche Santa Maria Maior, sowie Gemälde und andere Objekte aus der Kapelle Corpo Santo. 1992 verschwand eine goldene Krone der Statue Unserer Lieben Frau vom Berg, und 15 Jahre später war ihr Verbleib unbekannt, ebenso wie 2011, trotz der Wiederbeschaffung einer anderen gestohlenen Statue aus derselben Gegend.
