Der Palast von São Lourenço ist Gegenstand von Auseinandersetzungen zwischen regionalen Stellen und dem portugiesischen Staat. Der derzeitige Vertreter der Republik, Richter Paulo Barreto, plädiert dafür, dass der Palast unter staatlicher Vormundschaft bleibt, und verweist auf die Verschlechterung anderer Festungen, die in regionale Verwaltung überführt wurden.
Es wurde jedoch kürzlich beobachtet, dass Gärtner des Stadtrats von Funchal in Uniform die Gärten des Palastes von São Lourenço bewässerten. Dies geschieht, während der Stadtrat von Funchal zuvor unzureichende Ressourcen für die Grünflächen der Stadt eingeräumt hat, was Fragen nach der Verantwortung für die Pflege der Gärten des historischen Gebäudes aufwirft.
