Le Palais de São Lourenço fait l'objet de contentieux entre les entités régionales et l'État portugais. L'actuel Représentant de la République, le juge Paulo Barreto, préconise que le palais reste sous la tutelle de l'État, citant la dégradation d'autres fortifications transférées à la gestion régionale.
Cependant, il a été récemment observé que des jardiniers du Conseil Municipal de Funchal, en uniforme, arrosaient les jardins extérieurs du palais. Cela se produit alors que le conseil de Funchal a déjà reconnu des ressources insuffisantes pour les espaces verts de la ville, soulevant des questions sur la responsabilité de l'entretien des jardins du bâtiment historique.
