El Palacio de São Lourenço ha sido objeto de disputa entre entidades regionales y el Estado portugués. El actual Representante de la República, juez Paulo Barreto, aboga por que el palacio permanezca bajo tutela estatal, citando la degradación de otras fortificaciones transferidas a la gestión regional.
Sin embargo, se observó recientemente que jardineros del Ayuntamiento de Funchal, uniformados, estaban regando los jardines exteriores del palacio. Esto ocurre mientras el ayuntamiento de Funchal ha reconocido previamente recursos insuficientes para los espacios verdes de la ciudad, lo que plantea interrogantes sobre la responsabilidad del mantenimiento de los jardines del edificio histórico.
