La tesis doctoral del diputado Francisco Gomes (Chega), titulada 'La Autonomía en Madeira (Portugal): Definición, orígenes, evolución y desafíos', presentada en 2019, está siendo objeto de fuertes críticas por parte de investigadores portugueses. Estos señalan insuficiencias metodológicas, falta de distancia analítica y una supuesta proximidad excesiva al objeto de estudio.
Según el Jornal Expresso, la investigación hace más de 300 referencias a Alberto João Jardim, incluyendo 49 citas de las memorias del antiguo presidente del Gobierno Regional. Un investigador del Consejo Superior de Investigaciones Científicas calificó el trabajo de "más un artículo de propaganda" y "un trozo de mal periodismo". Otro investigador anónimo cuestionó la fundamentación de varias afirmaciones y la ausencia de una pregunta de investigación clara y una teoría estructurante.
Las críticas se extienden al uso de diversas referencias bibliográficas, como obras de Lenin, estudios sobre comunidades mapuches, literatura LGBT y estudios sobre asesinos en serie, para respaldar argumentos sobre la autonomía madeirense. La tesis también aborda el ascenso de Miguel Albuquerque al liderazgo del PSD-Madeira, atribuyéndolo a una confluencia de intereses, pero algunas de estas afirmaciones carecen de bibliografía específica que las sustente.
