La thèse de doctorat du député Francisco Gomes (Chega), intitulée 'L'Autonomie à Madère (Portugal) : Définition, origines, évolution et défis', présentée en 2019, fait l'objet de vives critiques de la part de chercheurs portugais. Ils soulignent des insuffisances méthodologiques, un manque de distance analytique et une proximité prétendument excessive avec l'objet d'étude.
Selon le Jornal Expresso, la recherche contient plus de 300 références à Alberto João Jardim, dont 49 citations des mémoires de l'ancien président du gouvernement régional. Un chercheur du Conseil supérieur de la recherche scientifique a qualifié le travail de "plutôt un article de propagande" et "un morceau de mauvais journalisme". Un autre chercheur anonyme a remis en question la justification de plusieurs affirmations et l'absence d'une question de recherche claire et d'une théorie structurante.
Les critiques portent également sur l'utilisation de références bibliographiques diverses, telles que des œuvres de Lénine, des études sur les communautés Mapuches, la littérature LGBT et des études sur les tueurs en série, pour étayer des arguments sur l'autonomie de Madère. La thèse aborde également l'ascension de Miguel Albuquerque à la tête du PSD-Madeira, l'attribuant à une conjonction d'intérêts, mais certaines de ces affirmations manquent de bibliographie spécifique pour les étayer.
