A tese de doutoramento do deputado Francisco Gomes (Chega), intitulada 'A Autonomia na Madeira (Portugal): Definição, origens, evolução e desafios', apresentada em 2019, está a ser alvo de fortes críticas por parte de investigadores portugueses. Estes apontam insuficiências metodológicas, falta de distância analítica e uma alegada proximidade excessiva ao objeto de estudo.
Segundo o Jornal Expresso, a investigação faz mais de 300 referências a Alberto João Jardim, incluindo 49 citações das memórias do antigo presidente do Governo Regional. Um investigador do Conselho Superior de Investigação Científica considerou o trabalho "mais um artigo de propaganda" e "um pedaço de mau jornalismo". Outro investigador, falando sob anonimato, questionou a fundamentação de várias afirmações e a ausência de uma pergunta de investigação clara e de uma teoria estruturante.
As críticas estendem-se à utilização de referências bibliográficas diversas, como obras de Lenine, estudos sobre comunidades mapuche, literatura LGBT e serial killers, para sustentar argumentos sobre a autonomia madeirense. A tese também aborda a ascensão de Miguel Albuquerque à liderança do PSD-Madeira, atribuindo-a a uma conjugação de interesses, mas algumas destas afirmações carecem de bibliografia específica de suporte.
