Autonomiczny Region Madery, wraz z Azorami, może doświadczyć zmniejszenia swojej autonomii w zarządzaniu funduszami europejskimi w wyniku proponowanej rewizji Wieloletnich Ram Finansowych Unii Europejskiej na lata 2028-2034.
Obecnie regiony posiadają programy regionalne i organy zarządzające, które kierują fundusze strukturalne na lokalne priorytety, takie jak program Madeira 2030, wspierający projekty w obszarach konkurencyjności biznesu, innowacji, zatrudnienia, włączenia społecznego, mieszkalnictwa, ochrony środowiska i transformacji energetycznej.
Nowa propozycja Komisji Europejskiej zakłada zastąpienie obecnej struktury jednym Krajowym i Regionalnym Planem Partnerstwa dla każdego państwa członkowskiego. Zmiana ta połączyłaby fundusze z różnych polityk (spójności, rolnictwa, rybołówstwa, programów społecznych itp.) w ramach jednego krajowego systemu, mając na celu uproszczenie dostępu, zmniejszenie liczby programów i zwiększenie elastyczności w odpowiedzi na zmieniające się okoliczności gospodarcze, społeczne lub geopolityczne. Plany są wciąż przedmiotem negocjacji i nie zostały ostatecznie zatwierdzone.
