La Región Autónoma de Madeira, junto con las Azores, podría ver disminuida su autonomía en la gestión de fondos europeos debido a una propuesta de revisión del Marco Financiero Plurianual de la Unión Europea para 2028-2034.
Actualmente, las regiones cuentan con programas y autoridades gestoras regionales que dirigen los fondos estructurales hacia prioridades locales, como el programa Madeira 2030, que apoya proyectos en áreas como la competitividad empresarial, la innovación, el empleo, la inclusión social, la vivienda, el medio ambiente y las energías renovables.
La nueva propuesta de la Comisión Europea prevé reemplazar la estructura actual por un Plan Nacional y Regional de Asociaciones para cada Estado miembro. Este cambio integraría fondos de diversas políticas (cohesión, agricultura, pesca, programas sociales, etc.) en un marco nacional único, con el objetivo de simplificar el acceso, reducir el número de programas y aumentar la flexibilidad ante circunstancias económicas, sociales o geopolíticas cambiantes. Los planes aún están en negociación y no han sido finalizados.

